Auditoria Militar é a forma como são chamadas as varas criminais, com atribuição específica de atuar em processos de crimes militares em 1º Grau, da Justiça Militar brasileira. Em cada auditoria militar trabalham além dos serventuários típicos da Justiça, tais como escrivão e outros auxiliares, atua também um juiz de direito, intitulado de Juiz-auditor, ou simplesmente auditor militar.
Normalmente, há também um outro juiz de direito, como juiz auditor substituto. Junto a essa vara criminal, atua um procurador militar, sendo ele um promotor de justiça, o qual tem como função laboral não apenas a defesa dos interesses públicos gerais, como também os específicos, basilares da estrutura militar: hierarquia e disciplina. Esta defesa se dá, como em geral, no Ministério Público, como autor (acusador), nas ações penais, ou terceiro interessado, nas demais ações.
Ao juiz auditor cabe conduzir as funções de ofício da Auditoria Militar. A função de processar cabe aos Conselhos de Justiça, órgãos colegiados, formados por quatro oficiais da instituição militar, chamados então de juízes militares, e um juiz togado, que no caso é o próprio juiz auditor. A presidência do Conselho cabe ao juiz militar de maior patente e ao juiz togado cabe o relato do processo. Todos os juízes militares devem ser superiores hierarquicamente ao réu.
Os Conselhos de Justiça que funcionam no âmbito das Auditorias Militares são de duas categorias: o Permanente, o qual atua em processos contra praças (de soldados a aspirantes a oficiais), no qual há um rodízio na formação dos juízes militares a cada três meses; e o Especial, que cabe processar oficiais (de tenentes a coronéis), sendo que para esse conselho se forma uma composição para cada processo e o acompanha até o seu término.
A ação penal instaurada nas Auditorias Militares são de proposição originária dos inquéritos policiais militares, por sua vez instaurados pelo oficialato superior investido de autoridade de polícia judiciária militar.
A Auditoria Militar de Sergipe atualmente funciona no Tribunal de Justiça de Sergipe, situado no Bairro Capucho, Zona Oeste de Aracaju.
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